蛋白類由于蛋白對溫度的敏感性，液體儲存時的不穩定性，常做成凍干制品，各種凍干物質的主要成分就是蛋白類物質，其中蛋白類物質失活就會造成產品的失效。因此成功的凍干并能長期穩定保存是我們凍干的主要目的。

和冷凍干燥過程一樣，在凍干制品的長期貯藏過程中也存在著多種影響因素。兩者之間的主要區別在于時間尺度上。干燥過程中出現的引起蛋白質變質的時間尺度為小時；而對于貯藏而言，時間尺度為月或年。在正確的冷凍干燥工藝中，要求產品溫度接近于其玻璃化轉變溫度；而在正確的貯藏條件下，環境溫度應當比其玻璃化轉變溫度低得多，以獲得很長的松弛時間。

蛋白類凍干物質在長期儲存過程中會發生變性或者失效，主要的變性機理是：

蛋白質凝聚：是凍干生物制品活性組分在貯藏過程中發生變性的主要因素之一。導致蛋白質凝集可能是物理（非共價）相互作用，也可能是蛋白質發生化學凝集（共價）。  

脫酰胺作用：也是蛋白質發生變性的主要途徑之一。天冬酰胺（Asn）和谷氨酰胺（Gln）是蛋白質中易于發生脫酰胺作用的兩種氨基酸。

非酶褐變：也稱作Maillard反應。它使得還原性糖（如葡萄糖）與蛋白質中的賴氨酸（lysine）和精氨酸（arginine）形成碳水絡合物。

氧化反應：蛋白質中蛋氨酸，胱氨酸，組氨酸，色氨酸和酪氨酸殘基的側鏈是發生氧化反應的可能位置。

水解作用: 雖然凍干的蛋白質中含有極少量的水分，但在貯藏過程中仍然會發生水解作用。 

蛋白凍干過程控制需要選擇功能更齊全的凍干機，其中pilotL, M .ES 、EP都可以。

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